（一）加盟费
加盟费，也称首期特许费或初始特许费，是加盟商为获得特许人的经营模式、注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源的使用权而向特许人支付的一次性费用。
加盟费体现了加盟商加入特许系统所得到的各种好处的价值加盟费常被加盟商看作进入一个特许经营体系的门槛费。在一个特许经营合约期限内，加盟商只需要交纳一次加盟费。
合约期内，即使加盟商退出，此费用也不子退还。合约到期后，如果双方要继续合作，就需要交纳新的特许经营期的加盟费。通常会根据加盟商的实际情况交纳，有的企业会允许加盟商分批分次交纳。
（二）特许经营权使用费
特许经营权使用费，也称权益金，是指加盟商在使用特许经营权过程中按一定的标准或比例向总部定期支付的费用，体现的是加盟总部在加盟商日常经营活动中拥有的权益。
特许经营权使用费不仅是加盟总部的利润来源，也是加盟总部持续为加盟商提供支持和服务的保障，以维持特许经营体系的运转，促进特许经营体系发展。
（三）其他费用
1. 履约保证金
履约保证金是在签订经营合同后，作为今后加盟商履行合同及债务的担保而交纳给加盟总部的费用，用于加盟商不能及时向加盟总部支付款项时的补偿。合同期满后，加盟商没有拖欠应付加盟总部的合理款项时，加盟总部会如数将保证金退回给加盟商。
2. 品牌保证金
品牌保证金指的是加盟总部为了保证加盟商不出现有损特许经营体系品牌的情况，在特许经营合同签订后向加盟商收取的一定金额的资金。如果加盟商在经营期间违反了品牌保证金规定的事项，或做出了有损加盟总部品牌的事情，加盟总部将没收此保证金。反之，特许经营合约期满，加盟总部将把此保证金返还给加盟商。
3. 市场推广/广告基金
市场推广/广告基金是特许人或经特许人授权的企业按加盟商营业额或利润的一定比例，或者按照双方敲定的固定数额向加盟商定期或不定期收取的费用所组成的基金。
该基金应用于特许经营体系（包括特许人或加盟商）的市场推广和对外广告宣传。该基金一般由加盟总部统一管理，但加盟商也可以根据自己的市场推广计划向加盟总部申请使用该基金。加盟总部收取这笔费用，将每家分店的广告基金集中起来，一是可以放大单独做广告的效果，二是符合特许经营体系的统一性，单一广告整体受益。
4. 培训费
培训费是加盟商为接受加盟总部培训而交纳的费用，主要用于加盟商开业后接受特续培训的费用，具体包括加盟商门店开业经营过程中，接受的关于加盟总部开发的新技术、新产品、新体系和新规定的培训费用。加盟商开业前接受的培训一般不包括在内，因为已经计算进加盟费里了。
5. 特许经营转让费
一般情况下，按照加盟双方签订的特许经营合同规定，除非出现不可抗力因素，在合同关系未到期的情况下，加盟双方不能单方退出，但也有一些加盟总部允许加盟店中途有条件退出。
如果加盟商中途放弃加盟店的经营，并将其转出，需要交纳一定的转让费用。因为加盟总部需要花费额外的资源去培训一个新的、合格的加盟商，所以需要向原加盟商收取这一额外支出的补偿。
6. 设备、产品或原材料费
一般特许经营使用的设备、产品、原材料都是由加盟总部专门定制和统一采购的，以保证提供的产品品质的一致性以及连锁店形象的一致性。因此加盟商需要支付一定的设备、产品或原材料费。有一些特许经营体系的设备是由加盟总部租赁给加盟商的，这种情况下，加盟商需要支付一定的设备租赁费。
此外，其他费用还包括店铺设计费、施工费、财务业务费、意外保险费等。另外，一些加盟总部还会根据自身情况向加盟商收取专项费用，如有的行业加盟总部会向加盟商收取定期的盘点服务费。还有的加盟总部要求加盟商支付驻店指导人员的劳务费或补贴等。由于各项费用繁多，为避免加盟商不清晰，在实际操作中，一些加盟总部会采用总体打包形式，给潜在的加盟商一个十分明确的费用概念。