1. 首先需要在项目启动前，清晰界定项目经理得职责和权限，并明确职能部门经理需要提供的支持;
2. 做好项目规划及各职能部门介入时间表，就项目目标做好提前沟通，并建立问题预警和问责制;
3. 就突发问题和事项，建立项目应急机制，包括应急小组和应急方案;
4. 充分授权项目经理，出现人事职责不清，由项目经理全权负责做最后决策;
5. 充分沟通仍是解决该问题的关键，尊重，信任和理解是沟通有效的关键，也是项目最后能否成功的关键;
这里的人事权力主要包括3方面，1是项目人员的分派权，2是项目人员的日常工作安排权，3是员工绩效评价和晋升权。就1、2两项权力，总经理应该站在公司发展和战略要求的高度进行平衡，应允许和鼓励职能部门经理和项目经理充分沟通，以达到最小的分歧，然后再由总经理以大局出发，解决两者的分歧。就员工绩效评价和晋升的权力，项目经理只能在所管项目对其项目成员进行该项目的绩效评价（直接一点就是项目奖励分配的多寡），而职能部门经理则根据有可能是多个项目经理的员工绩效评价，进行对员工的综合评价；一般来说，员工的晋升权力在职能部门经理，但项目经理也应该有建议权。
关于补充问题中人事职责不清的问题，有几个层次的解决方法，首先是要就是论事明确某问题的人事职责和接口要求，便于工作开展和推进；其次，要建立公司持续改进的制度，将有效的改进措施（包括人事职责的明确及经验证合理有效）成为规范进行运作；最后，应致力于建设良好的企业文化，使得所有员工能够积极、主动地去解决问题，而不是碰到诸如人事职责不清的问题出现互相推诿或者刻意回避。
这也是目前大多数企业的通病，当项目启动时项目经理职责为组织和监督各职能部门配合完成项目计划，在项目实施的过程中项目经理有最大的人事权利。在总经理因要求项目经理在项目计划书中清楚的描述出各部门项目专员配合，各部门职能专员职责需在计划书上明确。
1. 项目计划书职责明确到各职能部门经理时，不会发生人事职责不清问题，在工作范围内各职能部门应配合整个项目的实施节点，保证项目在计划内完成；
2. 在项目实施过程中难免会与会与各职能部门发生摩擦，提前明确职责也会避免项目完结后各部门间的隔阂。
工作中出现交叉责任区或空白区域是很正常的事情，关键要坚持持续改进，岗位职责制定以后，后续由于公司经营环境或经营条件的变化，相应的制度和职责划分也要跟着变化。其实很多公司就存在这样的情况，公司部门有调整了，但是相应的工作岗位说明书却一直没有更新，这样一方面会发生扯皮现象，另一方面也会使部分人员的积极性深受打击。
如果工作过程中出现职责不清，就要让人事部门审查岗位说明书是否有问题，是否没有及时更新。建议公司的人事部每个月或定期的回顾公司所有的工作岗位说明书，以便适应公司不断变化的经营状况。
在职能部门待过一段时间，跟项目也打过些交道。根据自己的经历就这个问题谈谈粗浅的看法。
首先要规定好各部门的基本职责。项目经理负责整个项目的进度，合理安排资源，进度计划，跟进项目过程的执行情况，最终需要保证项目保质保量控制在时间结点之前完成。而职能部门起到执行的角色，按照相关标准进行设计，同时需要与流程中相关其他职能部门及项目经理保持沟通。
所以，项目经理需要主要负责的是统筹规划项目进度和资金的使用，简单来说，一是进度，二是成本。而完成项目具体步骤的资源-人是隶属于职能部门管理的。我认为职能部门和项目经理之间主要矛盾体现在对人工时的使用安排上。
1. 在完成诸多项目积累有一定相关项目经验之后，完成一个项目中某个部分所需要消耗某职能部门的人工时是可以进行定量化估计的。人力资源应属职能部门经理的控制范围，职能部门经理应对自己组内每名员工人工时的使用情况，包括使用多长时间，用在那个项目上等等，要有十分清楚的了解和记录。
2. 同一职能部门可能要同时执行多个项目， 这就需要根据项目的优先级、这项工作的时间、紧急程度进行统筹，后两者可由职能部门和发生资源需求矛盾的项目经理之间协调解决，而对于项目优先级问题则是总经理需要起主要决定作用的。
3. 如果公司业务蒸蒸日上，项目很多，人手又不够用，就需要考虑雇佣新员工加入职能部门或项目部门。总经理应基于人工时使用紧张程度，关注于对本年度需要新增岗位的数量的控制。而对于具体招聘，由职能部门和项目部门根据需要自行决定即可，总经理仅提出合理建议。
4. 总之，项目经理只是使用职能部门的资源即人工时，而无权对职能部门的人事安排予以干涉。而职能部门有责任保证负责人员的稳定性和执行质量。
5. 跟项目的大小，产品成熟程度，项目经验积累等等也有关系。
6. 公司大了，对于总经理来说应更着眼于规范化和标准化，责任明确。大家都在一个框框里工作，问题就是个别现象。公司文化也是要考虑的，有问题能坐下来开放的谈自己的想法和考虑，各自困难在哪，大家都是为公司工作，大出发点相同就没有解决不了的问题。如果都闷在肚子里找总裁也没有用，这种氛围的培育也应当是总经理的责任。