1891年正月，12岁的鲁迅入三味书屋，跟随绍兴城中“极方正，质朴，博学的人”寿镜吾先生学习。多年后，鲁迅先生在《从百草园到三味书屋》一文中这样写道：“出门向东，不上半里，走过一道石桥，便是我的先生的家了。从一扇黑油的竹门进去，第三间是书房。中间挂着一块匾道：三味书屋;匾下面是一幅画，画着一只很肥大的梅花鹿伏在古树下。没有孔子牌位，我们便对着那匾和鹿行礼。第一次算是拜孔子，第二次算是拜先生。第二次行礼时，先生便和蔼地在一旁答礼。”三味书屋上悬“三味书屋”匾额。那么，三味书屋的“三味”究竟是指哪“三味”呢？对此历来解释不一，大致有以下几种说法。
一说“三味书屋”原题“三余书屋”，典出《三国志·董遇传》：“为学当以三余，冬者岁之余，夜者日之余，阴者晴之余。”意在勉励人们利用一切空余时间勤奋读书。古时读书人多以此典自勉，苏轼对此也颇为赞赏，曾用“此生有味在三余”抒写自己利用空余时间读书的乐趣。据说，鲁迅的老师寿镜吾先生的祖父寿峰岚老先生借引苏轼的诗句，将“余”字改为“味”字。
第二种说法最为普遍，认为“三味”属于典故：古人有“读经味如稻粱，读史味如肴馔，读诸子百家，味如醯醢（xī hǎi）”。醯，指醋。醢，指鱼肉做成的酱。醯醢泛指佐餐的调料。这句话反映了古人对经、史以及诸子百家在文化构成中的等级、地位、功能、品位的界定。
第三种说法是“三味”出自宋代李淑《邯郸书目》：“诗书，味之太羹，史为折俎，子为醯醢，是为三味。”“诗书，味之太羹”，意思是说经书像食物里的太羹。太羹是指不加作料的原汁肉汤，是古代祭祀时用的食物。因为经书最早、最为古朴，也最为重要，故比之为太羹。“史为折俎”，意思是说史书是食物里的折俎。折俎，即大块肉。有以史正道、以史见道的意思。“子为醯醢”，是将诸子百家的书比喻为食物里的醯醢。这三句话是把诗书、子、史等书籍比作佳肴美味，是很好的精神食粮。
第四种解释是寿镜吾先生自己说，“三味”是指：“布衣暖，菜根香，读书滋味长”。寿镜吾先生的儿子寿洙邻，曾与其父一同任教于三味书屋。他对三味书屋这样解释道：“三味是以三种味道来形象地比喻读诗书、诸子百家等古籍的滋味。幼时听父兄言，读经味如稻粱，读史味如肴馔，读诸子百家味如醯醢。但此典出于何处，已难查找。”按说，这种解释应该是“盖棺定论”了。但寿镜吾先生唯一的孙子寿宇却不认同叔父这样的解释。他说：“这样的解释淡化了祖先对清王朝的反叛精神。”
三味书屋的这一精神传统，为日后鲁迅先生以学问立身、追求人格独立思想的形成和发展起到了潜移默化的作用。