剑桥大学成立于公元1209年，最早是由一批为躲避殴斗而从牛津大学（University of Oxford）逃离出来的老师建立的。
12世纪，方济会修士、本笃会修士和圣衣会修士，来到这片平坦、潮湿的沼泽区定居，剑桥郡由此诞生。
1209年，牛津大学的两名经院派哲学家被控谋杀了一名妓女，牛津郡法庭将他们判处绞刑。为了表示抗议，牛津教师们有一段时间停止授课，纷纷离去，其中一部分人来到了剑桥郡，创建了剑桥大学。
1225年左右，剑桥的教师们就从他们当中选出了一位校长，他的权力得到了亨利三世国王的批准，大学的自主管理就由此而来。不久之后，1233年，格雷戈尔九世教皇也批准了，这种教会特权牛津直到1254年才享受到，亨利三世及其继承人的法令确保了这两所大学的垄断地位。一直到19世纪，整整六百年，牛津和剑桥都是英国仅有的大学。欧洲其它地方没有哪里有这种垄断的。跟牛津一样，剑桥的这所大学一开始也没有自己的房子。他们在租来的房子里讲课和生活，哪里有地方就在哪里。大学生们从一开始就住在旅舍里，由店主负责监督。
1231年，亨利三世国王在授予剑桥教学垄断权。
1280年，在这种私人旅舍被有着自己的校舍和捐款的学院取代之前，全城已经有34家这种大学生公寓了，捐款能保证学院的持久性和独立性。
1284年，艾利修道院的休·德·巴尔夏姆主教创办了剑桥的第一所学院——彼得豪斯学院。直到学院有章程前它依照的都是牛津的早它20年的主教学院——墨顿学院的模式。剑桥毕业生从前就有最理想的就业机会，尤其是在1347~1348年的那场夺走了英国近三分之一人口的瘟疫之后，对受过良好教育的牧师、管理人员、法学家、医生的需求增加了。
1370年前后剑桥共有八所学院，大约20多家旅舍。整个大学有将近700人。剑桥早期的学院创建人绝对不只是教会人员。也包括国王和他们的女人，像伊丽莎白·德·克莱尔和彭布罗克伯爵夫人这样的上层贵族的太太，国家官员、商人、主教相当少。基督圣体学院的监护人最为特殊，它是剑桥（和牛津）唯一一座由城市的两个行会共同创办的学院，这期间大学建起了它的第一幢自己的大楼，有课堂、会议室、图书馆和管理大楼的老学堂（1350年－1475年）。别的学院都围绕着这些学院核心：克莱尔学院、三一学堂、冈维尔学堂。
1500年前后，剑桥有十几所学院，大多数位于高街和剑河之间，南起已经位于城墙外的特兰平顿门旁的彼得豪斯学院，北至后来的三一学院和圣约翰学院的所在地。当人文主义思想也随着印刷术传播开来。据立思辰留学介绍，欧洲这场古典精神的伟大复兴运动最杰出的代表是来自鹿特丹的伊拉斯谟。