珍珠是一种有机物宝石，其形成完全是来自生物体，它的诞生是来自一种水栖动物的产物。有别于那些挖掘自地底层中的矿物。珍珠是来自一种水栖动物的产物，称之为「软件动物」。珍珠生产于珠蚌内，因为有异物进入蚌的外套膜内，蚌本身受到刺激，却又无法将它排除时，便分泌碳酸钙与真珠母将它包覆，每天分泌约3-4次，每次覆盖涂满的厚度仅0.5微米，需2-5年的时间，才能长成宝石级质量的珍珠。
母蚌自海水中吸收钙质，并用来制造珍珠层，海水珍珠吸收海洋微量元素，珍珠氨基酸、牛磺酸(调节中枢神经及内分泌，助睡安眠)、碳酸钙和角壳蛋白，还有少量的金属元素，还含有对人体免疫具有显著调节作用的有机硒元素。其中角壳蛋白含有人体能合成和不能合成的单元氨基酸，及人体所需的8种氨基酸：赖氨酸、色氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸(改善肤质、促进新陈代谢)、苏氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、和缬氨酸等。另外还含有38.8%的钙(Ca)以及微量元素，如镁(Mg)、锌(Zn)、硒(Se)、锗(Ge)等，以及小分子多肽。
海洋中绝大部分珍贵的微量元素，以及人体需要的营养份，多浓缩在一颗珍珠里面。 均匀规则的珍珠，就是宝石市场的新宠；而不规则的珍珠，则是中药市场的高级药材。珍珠的色泽一方面由珍珠表面和内部的光反射和光干涉而产生，另外还与珍珠含有的各种色素和金属元素的本体色有关。经光谱分析法发现，金黄色、奶油色珍珠含有较多的铜和银；肉色和粉红色珍珠内含钠、锌较多；白色和粉红色珍珠中含锰较多。因此，珍珠的颜色和光泽可分为白色系统、粉红色系统、黄色系统、蓝色系统。正圆形的珍珠色泽是从球面发出的，它的色泽不但随光源的种类、强弱和背景的差异而不同，而且随光源和观察的角度不同而变化。
由此可见，珍珠的颜色与水域中的化学成分和水中浮游生物的种类和数量有关。水域不同或育珠蚌的垂放深度不同，珍珠的颜色也不同。随着蚌的年龄的增长颜色略有加深，但色泽的系统变异不大。此外，珍珠的颜色与育珠蚌本身也有一定的关系，但不是主要的。蚌的壳色为黄色，育出的珠就以黄色系统为主，但同时可能还出现其它各种颜色，这可能是同时吸收了水域中的金属元素所致。