传说端午节是为了纪念屈原，实际上这是后世的附会。从端午节吃粽子、划龙舟、避虫蛇等习俗来看，其源头是古代南方划龙舟和食用稻米的人群。
《太平寰宇记》引晋书《襄阳风俗记》记载说：“屈原五月五日投汨罗江，其妻每投食于水以祭之。原通梦告妻，所祭食皆为蛟龙所夺。龙畏五色丝及竹，故妻以竹为粽，以五色丝缠之。今俗其目皆带五色丝食粽，言免蛟龙之患也。”水、龙、竹、粽这些南方元素，在早期端午节的叙事中占据了重要主题。
《艺文类聚》引用梁朝吴均《续齐谐记》也有类似记载：“屈原五月五日投汨罗而死，楚人哀之，每至此日，竹筒贮米，投水祭之。汉建武中，长沙欧回，白日忽见一人，自称三闾大夫，谓曰：‘君当见祭，甚善。但常所遗，苦蛟龙所窃。今若有惠，可以楝树叶塞其上，以五彩丝缚之。此二物，蛟龙所惮也。’回依其言。世人作粽，并带五色丝及楝叶，皆汨罗之遗风也。”
正如闻一多在《端午考》中所说，端午的起源和龙有密切的联系，这个节日最初应当源自于东汉以前的长江流域。
龙在水下，水上则有龙舟。吴越等地的人群，自古以来和龙蛇关系密切，《史记·太史公自序》言“少康之子，实宾南海，文身断发，鼋鼍与处”。《汉书·地理志》记载东南越人尊龙：“帝少康之庶子云,封于会稽,文身断发,以避蛟龙之害”,颜师古注引应劭云:“常在水中,故断其发,文其身,以象龙子,故不见伤害也”。
《淮南子•原道训》也记载：“九嶷之南，陆事寡而水事众，于是民人被发文身，以像鳞虫。”《淮南子·泰族训》又云：“夫刻肌肤，镵皮革，被创流血，至难也，然越（人）为之，以求荣也”。高诱注：“越人以箴刺皮为龙文，所以为尊荣也”。当时南方民族崇拜龙蛇，有断发文龙的习俗，甚至以身上文身各种龙形为荣耀。崇拜龙蛇的南方人群，也多擅长驾船，行走于水网密布的南土，甚至死后以船棺随葬。
在福建、四川、湖南甚至更为广袤的国外东南亚等地，都有船棺葬的古老习俗。在云南晋宁石寨山出土铜鼓上，就表现有南方人群划龙舟的形象，船是细长翘起的龙舟，上面坐着四个人，戴着羽毛冠，拿着长矛，是一群武装者的形象。
广州南越王墓出土铜提筒上的龙舟船纹，上面也是戴着羽毛冠的武装者，有人一手拿斧头一手拿人头，有人一手拿着短剑，一手抓着俘虏的头发。划龙舟，是崇拜龙蛇并热爱船行的南方人群文化，而且这些划龙舟的人往往持有武器，而且抓俘虏，用于某种祭祀。
西周时期的《楚公逆钟》铭文就提到“敷供四方首，楚公逆出求人，用祀四方首，休，多擒。”就是说西周时代的楚公逆这位南方部族首领，亲自带人去抓获俘虏作为祭品，用“四方首”祭祀四方神灵。猎头祈求农业丰收，在古代南方民族中十分常见，《楚辞·招魂》记载“魂兮归来，南方不可止些，雕题黑齿，得人肉以祀，以其骨为醢些。” 三国文献《南州异物志》记载当时交州和广州交界地区“奉月方田尤好出索人，贪得之以祭田神也。”
从文献来看，端午节的水中，往往伴随有尸体。除了屈原的尸体外，伍子胥鸱夷而死，尸体被抛入水中，成为江神，早期端午节也纪念这位水中的死者。《世说新语·捷悟》注引《会稽典录》：“孝女曹娥者,上虞人，父盱，能抚节按歌，婆娑乐神，以五月五日迎伍神，为水所淹，不见其尸”。根据此说，东汉时期吴越地区有端午节“迎伍神”的习俗，就是祭祀水中的伍子胥。
而为了祭伍子胥，曹娥也死于水中，“不得其尸”，也是曹娥的尸体在水中。根据《后汉书·列女传》的说法：“孝女曹娥者,会稽上虞人也。父盱,能弦歌,为巫祝。汉安二年五月五日，于县江溯涛婆娑迎神，溺死，不得尸骸。娥年十四，乃沿江号哭，昼夜不绝声，旬有七日，遂投江而死。”不但曹娥的尸体在水中，她父亲曹盱的尸体也在水中。
这些众多沉入水中的死者传说，联系到早期龙舟纹饰上的猎头、俘虏，很可能其最初的源头是五月五日这一原始宗教的重要节日。南方族群有用人献祭给水中龙神的古老信仰。曹娥的父亲曹盱是能弦歌迎神的巫祝，他死于水中，就是模仿上古时代被献祭给水神或龙神的祭祀。
那么端午节的粽子，应该也和这种龙舟祭祀有关系。有学者推测，粽子是南方猎头者划龙舟展开袭击时候的干粮或速食食品。笔者认为，粽子可能是对用人牲献祭给龙神或水神的一种替代品，类似于传说中诸葛亮在南中用馒头取代人头祭祀。宋代高承《事物纪原》卷九引《稗官小说》云：“诸葛武侯之征孟获，人曰：‘蛮地多邪术，须祷于神，假阴兵一以助之。然蛮俗必杀人，以其首祭之，神则向之，为出兵也。’武侯不从，因杂用羊豕之肉，而包之以面，象人头以祠，神亦飨焉，而为出兵，后人由此为馒头。”这材料虽有小说家言的意味，但能一定程度反映历史影子。粽子在传说中是祭祀蛟龙的食品，最初龙舟猎首献祭被用粽子取代，成为端午节的象征。不那么美好的原始祭祀升华为美好甚至富有诗意的民俗文化，是一条规律。