在湖南湘潭完成祭祖后，马英九一行3日上午抵达重庆，并在当天下午参访重庆中国三峡博物馆。
马英九在三峡博物馆参观了“壮丽三峡”和“远古巴渝”展厅，了解古代巴人的乐舞、墓葬文化以及生活情况。在解说员讲到三峡大坝工程时，他开玩笑说，“那个时代很多父母都期待孩子长大要在三峡建坝，小弟也是其中之一”。由于观看中国古代文物太入迷，马英九的头甚至碰到玻璃上。
重庆中国三峡博物馆是集巴渝文化、三峡文化、大后方文化、抗战文化、移民文化和统战文化的收藏、保护、研究、展示、传播为一体的综合性省级博物馆，前身为1951年成立的西南博物馆。全馆占地面积5.6万平方米，建筑面积7.17万平方米，包括主馆、白鹤梁水下博物馆、涂山窑遗址等5个场馆，有藏品11.98万件/套（单件超28万件），其中巴蜀青铜器、汉代雕塑、古代书画、古琴、抗战等方面的文物藏品特色鲜明。2013年，三峡博物馆成为海峡两岸文化交流基地。
这趟为期12天的登陆之旅已经过半，与马英九一同登陆的台湾学生对大陆有了更深刻的了解。淡江大学英文系冯灏是祖籍安徽，已经第三次到大陆。他在接受台媒采访时表示，这趟到大陆令他颇有感触，印象深刻的是参访侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆和中山陵，“让我对于我们过去的历史有一些非常深刻的感触……对于历史情怀跟我们两岸关系之间的认识，都更上一层楼”。
台大政治学系的詹宇翔同样对中山陵很难忘，他说，马先生此次登陆行程“是有办法追根溯源，找到两岸可能潜在的共通点的”。台湾东吴大学资料科学系学生孙玉儒称，台湾历史课本对南京大屠杀就是潦草地一笔带过而已，“但是到那之后很有共鸣，我听到讲解时也眼眶含泪”。孙玉儒喜爱收集各种徽章，衣服上别着侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆赠送的一枚徽章，“这朵花是和平的象征”。
台湾政治大学民族学系学生徐致远在接受采访时表示，之前就知道大陆的发展很好，此行让他看到很多细节，比如城市规划、道路设计以及街景样态，“在此之前，这些细节是模糊的，但是现在我更明白大陆的城市发展具体是什么样子”。在交流中，他感觉到大陆学生就业比较倾向于对社会或集体作出贡献。“大九学堂”学员张昌翊深有感触地说，两岸真的是可以理性地坐下来、好好沟通对谈。
