1949年，新疆和平解放。驻新疆人民解放军部队为巩固边防，加快新疆发展，减轻新疆地方政府和各族人民的经济负担，将主要力量投入到生产建设中，开展了大规模的生产建设。到1954年，解放军驻新疆部队共建成农场34个，牧场8个，拥有耕地77.2千公顷，收获的农牧产品解决了驻新疆部队的后勤供给，而且还兴建了一批现代工矿商贸企业，兴办了学校、医院等一批事业单位。1954年10月，在当时新疆军区司令员王震的主导下，中国人民解放军驻疆部队中的17.5万名官兵就地集体转业，组建了新疆生产建设兵团，首任司令员为陶峙岳。1956年5月起，兵团受国家农垦部和新疆维吾尔自治区双重领导，在国家实行计划单列。
兵团成立后的主要任务是开垦塔克拉玛干沙漠、古尔班通古特沙漠边缘的戈壁荒漠，兴修农田、水利、绿化等基础设施，发展经济。当时兵团也吸引和征调了大量中国其他省份的青壮年男女来补充兵团人员的知识结构和性别比例。在1960年代中苏交恶的时候，由于大量边民逃往苏联，因此中国政府又抽调了大批人员进入兵团，以填补边境地区的防卫空缺和农业生产缺额。到1966年末，兵团的总人口达148万人。在随后的文化大革命时期，兵团发展受到了严重的冲击，经济每况愈下。1975年，兵团经济已到了崩溃边缘，最终被下令撤销建制，所有机构移交地方政府管理。
1981年12月，中央政府决定恢复新疆生产建设兵团。到2001年，新疆生产建设兵团在天山南北的塔克拉玛干、古尔班通古特两大沙漠边缘兴修水利、植树造林、防风固沙，建起了数千公里的绿色屏障，形成了1064千公顷新绿洲。兵团GDP占自治区的13.2％。兵团有14个师（垦区），174个农牧团场，总人口245.36万人，在岗职工93.3万人。2008年末，兵团总人口257.31万人，从业人员102.40万人。
新疆生产建设兵团的管理体系主要有兵团、师、团三级。兵团和师均设第一政委、政委、司令员或师长三个主要职位。兵团司令部设在乌鲁木齐市。兵团第一政委现由时任新疆维吾尔自治区党委书记兼任。兵团政委和司令员则独立于自治区党政军系统，由中共中央和国务院直接任命。兵团的师大都与自治区的地级行政区对应，由当地时任地委书记兼任师第一政委。师另设专职的政委和师长。兵团的团级单位除了普通团外，还有农场、牧场等，一般统称为“农牧团场”。普通团除了番号外，通常还具有一个称作镇的地名，这些镇并不存在政权机构，仅仅是团场的别称而已。此外，在兵团总部、各师师部和团场密集的垦区，还设有三级的法院、检察院等机构。 20世纪末以来，军团的军事功能逐渐弱化，其武装守卫职责已大部分移交给了兰州军区下属的新疆军区，现有副军级建制的军事部和武警指挥部，军事人员也基本上都是民兵和预备役人员，而且大都分布在边境地区。
兵团各师还建起了一批新兴城市，实施师市合一体制，为自治区直辖（兵团直管）县级市。
阿拉尔市（兵团第一师）：“阿拉尔”系维吾尔语意为“河洲”、“绿色的岛屿”，一说为蒙古语，是一种草的名字。新疆生产建设兵团第二师的前身是，兵团第一兵团第二军步兵第五师，最早是中国工农红军第二方面军第六军团和八路军120师359旅。1953年来到新疆，2012年更名为兵团第一师。主要分布在阿拉尔、阿克苏境内。1957年建场，2002年设立阿拉尔市。
铁门关市（兵团第二师）：铁门关市因库尔勒古迹铁门关而得名。新疆生产建设兵团第二师的前身是，第一兵团第二军步兵第六师，1953年来到新疆，主要分布在巴音郭楞蒙古自治州境内铁门关一带。2012年更名农二师，同年成立铁门关市。
图木舒克市(兵团第三师)：“图木舒克”系维吾尔语“鸟嘴”、“突出的一角”之意。新疆生产建设兵团第二师的前身是，兵团第一兵团第五军步兵第十四师，1969年建场，农场地处图木舒克、喀什、克孜勒苏柯尔克孜自治州境内。2002年设立图木舒克市。
可克达拉市（兵团第四师）：”可克达拉“系阿尔泰语“绿色的原野”之意。
1953年可克达拉市分布在可克达拉市、伊犁哈萨克自治州境内。新疆生产建设兵团第四师的前身是，第一兵团第五军步兵第十五师，2012年更名农四师。2015年设立可克达拉市。
双河市（兵团第五师）：双河市名取自于精河和博尔塔拉河双河之意，位于博尔塔拉蒙古自治州境内。新疆生产建设兵团第四师的前身是，第一兵团第六军步兵第十六师，2012年更名兵团第五师。2014年设立双河市。
五家渠市（兵团第六师）：1952年，第一兵团第六军第十七师，即西北野战军新四旅，在此屯垦建设，定名为猛进农场，地处昌吉回族自治州境内。2002年设立五家渠市。2012年更名为新疆生产建设兵团第六师。
胡杨河市（兵团第七师）：新疆生产建设兵团第七师的前身是，第二十二兵团第九军步兵第二十五师，2012年更名为兵团第七师。农七师地域分布在新疆维吾尔自治区的奎屯市、乌苏市、克拉玛依市、沙湾市和布克赛尔蒙古自治县境内。2019年设立胡杨河市。
石河子市（兵团第八师）：原为玛纳斯河的一条支流，后成为布满碎石的干河床，石河子由此得名。石河子因河得名，清代为绥来县地。1950年，王震将军率中国人民解放军挺进石河子，开始在这里开垦建城。1953年以后成为兵团农八师的垦区中心。1971年设石河子市，1985年正式成立市人民政府。
兵团第九师：新疆生产建设兵团第九师的前身是：第二十二兵团第九军步兵第二十七师，2012年更名为兵团第九师。农九师位于塔城额敏县。
北屯市（兵团第十师）：北屯地处新疆北部阿尔泰区域中心，原名“多勒布尔津”。1958年，新疆生产建设兵团副政委张仲瀚将军率队踏勘选点时，选此为新疆兵团十师师部驻地，定名为“北屯”，意为“中国最北的屯垦重地”。2011年成立北屯市。
兵团第十一师：农十一师驻乌鲁木齐市，以工业、工程施工为主。前身是第二十二兵团骑兵第八师，2014年为”新疆生产建设兵团建筑工程师”，加挂”新疆生产建设兵团第十一师”建制名称。
兵团第十二师：农十二师驻乌鲁木齐市分，布在乌鲁木齐市、吐鲁番市、昌吉回族自治州境内。1963年为乌鲁木齐西郊农场管理处，1982年更名为新疆生产建设兵团乌鲁木齐农场管理局，划归兵团管辖。2000年改为新疆生产建设兵团农业建设第十二师，2012年更名为新疆生产建设兵团第十二师。
新星市（兵团第十三师）：新疆生产建设兵团第十三师前身是，第一兵团第六军步兵第十六师。1982年更名为新疆生产建设兵团哈密农场管理局，2000年改为新疆生产建设兵团农业建设第十三师。2012年更名为新疆生产建设兵团第十三师，地域分布在哈密市境内。2021年设立新星市。
昆玉市（兵团第十四师）：1949年12月，中国人民解放军二军五师十五团进军和田，平暴剿匪，接管边防、组建政权。1954年，解放军集体就地转业，屯垦戍边。1975年隶属和田地区农垦局，1982年更名为新疆生产建设兵团和田农场管理局。2012年更名为新疆生产建设兵团第十四师。2017年，因昆玉地处昆仑山北麓，毗邻盛产美玉的和田，设市时遂名昆玉市。
