一、培养目标不同。学术硕士按学科设立，其以学术研究为导向；专业学位与职业性紧密结合。
二、培养方式不同。学术硕士课程侧重于加强基础理论知识学习；专业硕士课程设置 以实际应用为导向。
三、入学难度不同。学士硕士考时事政治，英语一（较难），数学一、数学二、数 三、专业课等，入学难度高；专业硕士考英语二（相对于英语一要简单些）、管理类联考、时事政治、专业课等，入学难度中等。
四、学制不同。根据培养规格、培养目标不同，学硕一般为3年，专硕一般为2年、2.5年或3年。
五、调剂要求不同。一般情况下，学硕专业可以调剂到专硕其他专业，而专硕不可以调剂到学硕专业中去。
六、学费不同。学硕学费原则上不超过8000元，专硕学费一般情况下10000元–90000元不等。
七、读博方式不同。学术硕士可以通过自己的导师直接读博，不用参加全国统考，可硕博连读。专业硕士一般不能硕博连读或直博，硕士毕业后若进行考博。
八、学位论文不同。学硕的论文，强调科学理论研究与原创学术创新，一般为学术性论文；专业硕士的论文强化应用导向，采用调研报告、规划设计等多种形式，一般为专业性论文。
九、导师制度不同。学术硕士，实行导师制。研究生导师对学生进行研究生课程教学、课题研究指导与学位论文指导，对其研究生在读研期间的全过程进行指导。对毕业论文进行指导性评价； 专业硕士，实行双导师制，各专业学位研究生培养单位要建立健全校内外双导师制，以校内导师指导为主，校外导师为辅，在培养过程中教授理论知识、学术指导兼以培养技能、指导实践等。
十、招生专业不同。学术硕士招生专业包括哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、军事学、管理学、艺术学等13大学科；专业硕士，针对性较强，招生专业包括金融、应用统计、税务、国际商务、保险、资产评估、审计、法律、社会工作、警务、军事、工商管理、公共管理、会计、旅游管理等共计47个专业。
十一、报考条件不同。国家承认学历的应届本科毕业生(含普通高校、成人高校、普通高校举办的成人高等学历教育应届本科毕业生)及自学考试和网络教育届时可毕业本科生；专业硕士除了要符合报名参加全国硕士研究生招生考试的人员基本条件外，部分专业学位硕士有单独规定。如工商管理专业，条件是大学本科毕业后有3年以上工作经验的人员。