司改后，法检“两院”实行人员分类管理，不同类型的人员核定不同的工资待遇。
目前，法检“两院”六类人员分别是：员额法官、员额检察官；法官助理、检察官助理；司法行政人员；司法警察；工勤人员；聘用制书记员等六类人员。法检“两院”人员分类后，不同人员的工作性质、工作职责有所差异，因此工资待遇各不相同。
1、员额法官、员额检察官的待遇。司改主要突出员额法官和员额检察官的主体地位，改革赋予了员额法官、员额检察官充分的办案权。司改前，法官检察官并不能决定案件的处理结果，分管领导和一把手对案件的处理结果有决定权。司改后，分管领导和一把手的权力下放，员额法官、员额检察官的办案权增大，实行“谁办案、谁决定、谁负责”的办案原则。这样的结果是，员额法官、员额检察官对案件终身负责，责任增大，待遇也相应提高，工资待遇比同级别公务员高50%左右。本地一个副处级员额法官，年收入在18万至20万之间，行政机关一个副处级干部年收入大概只有12万至14万。司改后，员额法官检察官的待遇明显提高了。
2、法官助理、检察官助理的工资待遇。法检“两院”的助理没有独立办案权，主要辅助员额法官、员额检察官办案。由于不需要对案件负责，办理的案件署员额法官、员额检察官的名字，几乎不需要对案件负责，因此工资待遇只比同级别公务员工资高20%左右。比如本地一个四级主任科员，每月工资4000元上下（不含基础性绩效奖金），法院一个四级法官助理，每月平均工资5000元上下（含绩效奖金），法检“两院”助理的工资平均比同级别公务员每月大概多1000元。
3、司法行政人员工资待遇。法检“两院”的司法行政人员主要分布在办公室、政治部、计财部等综合保障部门，日常工作主要服务保障办案，工资待遇跟助理是一样的。
4、司法警察的待遇。司法警察的工资待遇跟司改没有多大关系。司法警察作为人民警察的警种之一，工资待遇参照公安民警的标准执行，工资待遇比同级别公务员高38%左右。本地一个四级警长（相当于四级主任科员）月工资6000元上下，每月工资比同级别的四级主任科员的多2000元左右。
5、工勤人员工资待遇。工勤人员由于没有公务员身份，不能享受司改政策红利，没有司法绩效奖励，只有基本工资、基础性绩效奖金等基本待遇。
6、聘用制书记员的待遇。聘用制书记员是法检“两院”的临时工，没有正式编制，工资待遇不高。司改后，省以下法检“两院”人财物收归省管，聘用制书记员由之前各单位自行招聘改为省高院、省检察院统一招聘，按照公务员招录程序择优录取。司改后，我省聘用制书记员待遇提高了，工资标准按照学历、工龄核定，学历高，工资档次就高，工龄越长，工龄工资就越高。本地法院检察院的书记员，月工资可以达到3000元，跟试用期转正的公务员差不多。
总之，司改后，法检“两院”六类人员六种待遇，褒贬不一。就员额法官检察官来说，他们工资最高，但办案责任也最大。由于办案压力过大，基层法院法官宁愿放弃员额身份，去从事工作责任轻松点的工作。另一方面，由于员额退出机制不畅通，入额的法官检察官又难以退出，年轻法官助理、检察官助理又难以入额，造成“两院”的助理靠熬资历、熬年限入额。一些有能力有抱负的法官助理，干脆辞职去从事律师工作。司改后，法检“两院”人员待遇普遍好了，但一些地区法检“两院”辞职人员却在增多。聘用制书记员由于没有正式编制，大多数人只把书记员作为跳板，三两年就辞职另谋他路了。